期刊简介
本学报是以反映首都医科大学各院、系、所及10任所附属、教学医院的科研成果为主的高级综合性学术期刊。季刊，国内外公开发行。主要栏目有论著、经验介绍、技术·方法、综述等。
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首页>首都医科大学学报杂志
- 杂志名称：首都医科大学学报杂志
- 主管单位：北京市教育委员会
- 主办单位：首都医科大学
- 国际刊号：1006-7795
- 国内刊号：11-3662/R
- 出版周期：双月刊
期刊荣誉：全国优秀科技期刊三等奖（第二届）期刊收录：维普收录(中), 万方收录(中), 上海图书馆馆藏, 知网收录(中), CA 化学文摘(美), 国家图书馆馆藏, 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊)
在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组中受Notch-1胞内结构域和CBF-1转录共调控的靶基因特征分析
王澜舸；张玉祥
关键词：Notch信号通路, CBF-1, 染色质免疫共沉淀, 高通量测序, 峰值, 基因聚类分析
摘要：目的在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组水平上寻找受Notch-1胞内结构域和CBF-1共同转录调控的靶基因；分析它们的类型、功能和在基因组中的分布等特征值；并以此为基础预测Notch信号通路的潜在生物学功能和调控模式。方法染色质免疫共沉淀联合基于Illumina/Solexa平台的高通量测序。结果1)Notch-1胞内结构域和CBF-1两组样本有效read数分别为14287722和14289280个,与人类参考基因组唯一匹配的read数分别为11782027和11711920个；2)两组样本的peak数分别为385和492个,peak区域分别为318344 bp和383768 bp,都占全基因组的约0.01%；3)两组样本的peak区域几乎集中于基因间区和内含子区,只有不到5%位于外显子区；4)两组样本的peak对应基因数分别为150和287个,其中共有基因93个；5)通过基因聚类分析和数据库比对可以查到这些基因的名称、分类、基本功能和在基因组中的位置等具体信息。结论在人类胰腺癌细胞BxPC3全基因组范围内找到了更多在转录水平上受CBF-1和Notch-1胞内结构域共同调控的未知靶基因；初步明确了它们的类型、分布和功能等特征值；这些数据可以为进一步分析Notch信号通路潜在的生物学功能和调控模式奠定基础。
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